최근에는 도심 공동화 현상 및 저출산으로 폐교 위기를 맞기도 하였다.[6][7] 종로구청장의 공약인 북촌 한옥마을 기반시설 조성[8]의 일환으로 재동초등학교 운동장을 활용한 학교시설복합화 사업이 추진되면서 학생 안전사고와 관광산업 활성화 사이에서 갈등이 발생한 적이 있다.[9][10]
비슷한 상황이었던 인근의 교동초등학교와의 통폐합 논의가 있었으나, 교육청에서 학생수 200명 이하의 작은 학교에 대한 다양한 지원을 해주는 '서울형 작은학교' 사업[11][12]에 2017년부터 두 학교 모두 포함되어[13][14], 거주지 학구와 관계없이 전입학이 허용되었다.[15][16] 이로 인해 2016년 30여명 수준으로 떨어졌던 입학생 수가 2017년부터 다시 증가하여, 2018년에는 44명이 입학하였다.
북촌 한옥마을에 위치한 특성을 살려, 입학 및 졸업식 및 월 1회 한복을 입으며[17][18], 전교생에게 연중 국악교육을 실시하고 있다. 2018년에는 한옥교실 취운정이 개관하였다.
학교 상징
교화(校花) - 목련 : 이른 봄 풍성하게 피어나며 아름답고 우아하며 건축 재료와 약재를 주는 목련처럼 큰 뜻을 품어 아름답고 슬기로운 재동 어린이로 성장하기를 표상한다.
교목(校木) - 향나무 : 사철 푸르름으로 강인한 의지와 예리한 기지를 표방한 향나무처럼 올곧은 마음가짐으로 이 세상의 청향제(淸香濟) 역할을 하는 재동 어린이로 성장하기를 표상한다.
