몬테네그로 정부는 몬테네그로 공국 시절이던 1879년 3월 20일에 처음 수립됐다. 당시 정부수장의 직함은 '각료회의 의장'이었다. 1910년 8월 28일에는 몬테네그로가 왕국을 선언하였다. 공국기와 왕정 기간 동안 몬테네그로 정부수장은 그 지위나 영향력 모두 크지는 않았지만 니콜라 1세의 의지에 따라 계속 남아 있었다.
제1차 세계 대전 기간이던 1916년 1월 15일 몬테네그로가 동맹국에 항복하자, 몬테네그로 정부는 해외로 망명하였고 이후 실각할 때까지 계속해서 남아 있었다.
1918년 11월 26일 포드고리차 회의 결정에 따라 몬테네그로가 세르비아와 병합되고 세르비아-크로아티아-슬로베니아 왕국을 이룬 가운데, 12월 20일 신왕국 총리로 스토얀 프로티치가 취임하게 됐다. 하지만 퇴위한 니콜라 1세는 망명 중에 몬테네그로 총리를 계속 임명하였고 1921년 서거할 때까지 이어졌다. 몬테네그로 망명정부는 그로부터 얼마 지나지 않아 1922년 해체되었다.
공산주의 집권기던 1945년 3월 7일 몬테네그로도 공산 자치정부를 꾸리게 되었고, 1945년 4월 17일에는 유고슬라비아의 한 구성국으로서 유고슬라비아 정부 내에 몬테네그로 총리직이 신설되었다. 전후 몬테네그로에서 실질적으로 처음 세워진 정부를 담당하는, 이른바 '몬테네그로 장관'의 탄생이었다. 이후 몬테네그로는 총리를 정부수장으로 하다가 1953년 2월 4일부로 직함이 '최고위원회 의장'으로 바뀌었으며, 1991년 1월 15일부터는 다시 '총리'로 이름이 바뀌었다.
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