정의감 넘치는 로봇 록맨의 활약으로 평화를 이룩한 후 어느 날, 세계 각지의 로봇들이 원인불명의 공격을 일으켜 혼란을 야기시킨다. 그간 소식이 없었던 악당 Dr. 와일리는 TV에 등장해 이 소동의 원인으로 록맨의 제작자 Dr. 라이트를 지목하며 그가 세계를 지배하려는 야망을 품고있다고 주장해 그를 곤란에 빠뜨리며, 끝내 Dr. 라이트는 경찰에 연행되어 감옥에 갇힌다. 록맨은 이 사태를 해결하고 Dr. 라이트의 누명을 벗기기 위해 다시 한번 로봇들과의 싸움에 나선다.
록맨 9는 시리즈 초기의 작품들으로 회귀해 간단하면서도 매력적인 게임플레이를 구축해 호의적인 평가를 받았고, 이후 같은 디자인을 한 후속작 록맨 10이 발매됐다.
