대회는 녹아웃 토너먼트 형식으로 진행된다. 2부 리그 팀들은 1024강전, 512강전, 128강전 등 이 세 회전에 나뉘어 참여한다. 이는 2부 리그의 각 지역별 클럽팀의 숫자에 따라 결정된다. 1부 리그 팀들은 64강전부터 참여하고, 프리미어리그 클럽들은 32강전부터 참가한다. 모든 경기는 단판승부제이다. 결승전은 단판으로 모스크바에서 열린다. 1회전 경기는 보통 4월에 시작되고 결승전은 다음 해 5월에 열린다. 따라서 러시아 컵은 여타 유럽 리그처럼 2년에 걸쳐 진행된다.
