남산식물원(南山植物園)은 서울시 중구 남산에 있었던 식물원으로, 1968년 12월에 개원하여 2006년까지 운영되었다. 현재는 철거된 상태이다.

1968년 6월 서울시에서 어린이의 과학수업을 돕기 위한 식물원의 건립 계획을 발표하였고,^[1] 이에 따라 같은해 9월에 착공, 12월 23일에 개관하였다. 게르 모양을 연상케 하는 원형 모양 건물에 삿갓 모양의 지붕 형태로 만들어졌으며, 건평 180여 평(약 600m²)에 1천여 종의 열대식물을 보유하였다.^[2]

이듬해(1969) 서울시는 남산식물원하고 더불어, 대형 수족관하고 과학관을 만들어 외국인 관광객하고 서울 시민들을 위한 남산 공원 개발 프로젝트를 계획하였고,^[3] 1970년에는 소규모의 동물원이 세워졌다.^[4]

남산 식물원은 1호관은 1968년 조선신궁이 철거된 자리에 들어섰으며, 베트남전 참전 군인들이 보내온 메이아소철, 야자수 등을 주로 전시했다. 1971년 재일교포 김용진(金容鎭)^[5] 씨가 208종 1만7800본의 선인장류를 기증하면서 2,3,4호관이 차례로 증축, 개원했다(2호관 건축 때 조선신궁 위패 대피소가 발견되기도 했으며, 동물원은 71년 개원).

남산식물원은 개원 당시에는 휴일 1천여 명이 관람하기도 하였고,^[6] 2006년에는 총면적 2730m²에 관엽식물, 다육식물, 선인장을 4개관으로 나누어 82과 713종 6405본의 식물을 보유하고 있었다. 서울시는 시설 노후 및 서울성곽 복원 정책에 따라 그곳에 있는 동물하고 식물은 서울대공원 · 어린이대공원 · 인천대공원 · 진주동물원 등으로 분산 이전하고 2006년 10월에 철거가 시작되었으며, 녹지 복원에는 11억원의 예산이 들어갔다.^[7]