상대식 2면 2선 구조의 지상역으로 열차의 교행이 가능하다. 역사는 1번 승강장 쪽에 있으며, 반대쪽 승강장과는 지하도로 이어져 있다. 2번 승강장 뒷쪽으로는 나치니시키우라 해수욕장(나치 해수욕장, 또는 "블루비치 나치")의 모래사장이 있다. 1936년12월에 세워진 지금의 역사는 구마노나치타이샤를 본뜬 것으로, 1998년8월에는 나치카쓰우라 정이 나치 역 교류센터를 세워 지금까지 운영하고 있다. 교류센터는 2층에 있다.
안마의자, 자동판매기가 설치된 휴게실, 특산물 판매점 등이 있으며, 2층 교류센터 앞에는 나치카쓰우라 정이 운영하는 온천인 "니시키탕"이 있다. 어린이는 300엔, 어른에게는 600엔의 입욕료를 받고 있다.