미국 해군 함선 2척이 USS 존 S. 매케인(USS John S. McCain)이라고 명명되었는데, 이는 존 S. 매케인 시니어와 존 S. 매케인 주니어, 존 S. 매케인 3세에게 경의를 표하기 위한 것이다.

• USS 존 S. 매케인 (DL-3) : 미처급 유도 미사일 향도(嚮導) 구축함, 나중에 DDG-36 구축함으로 재명명됨. 1953년 취역, 1978년 퇴역
• USS 존 S. 매케인 (DDG-56) : 알레이버크급 유도 미사일 구축함, 1994년 취역, 현재 현역 사용 중

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