2009년 히어로즈 / 서울 히어로즈 시즌은 히어로즈 구단이 히어로즈라는 이름을 쓴 마지막 시즌이자, 서울 히어로즈라는 팀명을 사용한 유일한 시즌이다. 한 시즌 전체를 스폰서 없이 힘들게 운영했으며, 원래는 히어로즈라는 이름을 썼지만, 7월부터 연고지인 서울을 앞에 붙여 서울 히어로즈라는 이름으로 팀명을 바꿨다. 다만 KBO 홈페이지에서는 2009년의 팀명을 히어로즈라고만 표기하고 있다. 김시진 감독이 팀을 이끈 첫 시즌으로, 지난 시즌에 이어 2년 연속으로 송지만이 주장을 맡았는데 히어로즈 김시진 초대 감독은 한때 고향팀 삼성 2군감독 물망에 올랐으나^[1] 후배 감독에게 짐이 된다는 이유로 고사했다. 팀은 8팀 중 정규시즌 6위에 그쳐 2년 연속으로 포스트시즌 진출에 실패했다.

• 월드 베이스볼 클래식 은메달: 이순철(코치), 장원삼, 이택근
• 세계야구선수권대회 국가대표: 윤학길(코치)
• 성구회 헌액: 전준호 (1969년)
• 골든글러브: 이택근 (외야수)
• 올스타전 승리팀상: 서군 올스타
• 올스타 선발: 이택근 (외야수), 브룸바 (지명타자)
• 올스타전 추천선수: 이현승, 황재균
• 출장(타자): 강정호, 황재균 (133)
• 출장(야수): 강정호, 황재균 (133)
• 선발 출전(야수): 황재균 (133)
• 실질타석: 황재균 (602)
• 타수: 황재균 (536)
• 2루타: 강정호 (33)
• 어시스트: 강정호 (439)
• 견제 아웃: 유선정 (3)

• 선발투수 : 이현승, 장원삼, 마일영, 김수경
• 구원투수 : 이보근, 오주원, 강윤구, 송신영, 배힘찬, 조용훈, 전준호 (1975년), 신철인, 노환수, 김세현, 이대환, 임창민, 이동학, 이정호, 이상열, 김성현, 장시환
• 마무리투수 : 황두성, 전유수, 조용준
• 포수 : 김동수, 강귀태, 허준, 손승현, 유선정
• 1루수 : 이숭용, 강병식, 장영석, 오재일, 조중근
• 2루수 : 김민우, 김일경, 권도영, 유재신
• 유격수 : 강정호, 김지수
• 3루수 : 황재균
• 좌익수 : 클락, 장민석, 조재호, 오윤
• 중견수 : 이택근, 정수성
• 우익수 : 송지만, 전민수
• 지명타자 : 브룸바, 전준호 (1969년)

• 김종민은 현재까지 확인되는 선수 중 구단 사상 최초로 육성선수로 입단했다.
• 5월 15일 LG 트윈스 와의 경기에서 17대 22로 패배했는데, 이 경기는 양 팀 합산 38타점 39득점으로 KBO 리그 역대 양 팀 합산 최다 득점 경기가 되었다. 또한, 팀은 이 경기에서 짐으로써 역대 단일 경기 최다 득점 패배 기록을 세웠다.
• 정민태는 8월 2일에 구단 사상 최초의 은퇴식을 가졌다.
• 임창민, 전유수, 유재신, 전민수는 시즌 종료 후 경찰 야구단에 입대하여 구단 최초로 경찰 야구단에 입대한 선수들이 되었다.
• 12월 30일에 이택근을 LG 트윈스로 보내고, 박영복과 강병우, 그리고 38억 원을 받는, 팀 사상 최초의 트레이드를 진행했다.