우즈베키스탄은 개최국 자격으로 본선에 자동 출전했다. 나머지 15개국은 예선을 통해 본선에 진출했다. 아시아 축구 연맹(AFC)은 2008년 2월 18일에 열린 징계위원회에서 2008년 AFC U-16 챔피언십 예선 도중에 실시된 자기공명영상(MRI) 검사 결과를 통해 예선에서 연령 초과 선수를 출전시킨 사실이 발각된 이라크, 조선민주주의인민공화국, 타지키스탄의 본선 참가 자격을 박탈하고 벌금 4,000 미국 달러를 부과한다고 결정했다.[1][2]
본선 조 추첨은 2008년 4월 1일에 우즈베키스탄 타슈켄트에서 진행되었다. A조에는 이란·싱가포르·우즈베키스탄·바레인, B조에는 대한민국·시리아·인도·인도네시아, C조에는 중국·사우디아라비아·오스트레일리아·투르크메니스탄, D조에는 일본·예멘·아랍에미리트·말레이시아가 각각 편성되었다.[3]
1 예멘과 아랍에미리트의 조별 예선 경기는 처음에 아랍에미리트가 지역 예선에서 받은 경고 누적으로 인하여 출전 정지 처분을 받은 선수를 출전시킨 사실이 발각되어 예멘의 3-0 몰수승(원래 경기 결과: 예멘 1-1 아랍에미리트)으로 처리되었다.[4] 그러나 예멘이 해당 경기에서 연령 초과 선수를 출전시킨 사실이 아시아 축구 연맹(AFC)의 자기공명영상(MRI) 검사 결과를 통해 발각되어 무효 처리되었다.[5][6][7]
2 예멘은 말레이시아, 일본과의 조별 예선 경기에서 연령 초과 선수를 출전시킨 사실이 아시아 축구 연맹(AFC)의 자기공명영상(MRI) 검사 결과를 통해 발각되어 2경기 모두 0-3 몰수패(원래 경기 결과: 말레이시아 1-1 예멘, 일본 1-2 예멘)를 당했다.[5][6][7]
