모든 구단은 전기리그에서 9라운드(1차 라운드로빈)를, 후기리그에서 9라운드(2차 라운드로빈)를 치른다. 전･후기리그에서 우승한 구단들에게는 포스트시즌 플레이오프 진출권이 주어진다. 또한 전･후기리그 승점을 합한 정규 순위에서 전･후기리그 우승 구단들을 제외한 차상위 2개 구단에게 역시 포스트시즌 플레이오프 진출권이 주어진다.
포스트시즌
포스트시즌은 플레이오프와 챔피언 결정전으로 진행된다. 플레이오프는 전･후기리그 우승 구단들의 홈에서 단판경기로 열린다. 전･후기리그 우승 구단 중 정규 순위가 높은 구단이 정규 순위로 진출한 차상위 2개 구단 중 승점이 낮은 구단과 경기를 치른다. 같은 날, 전･후기리그 우승 구단 중 정규 순위가 낮은 구단은 정규 순위로 진출한 차상위 2개 구단 중 승점이 높은 구단과 경기를 치른다. 각 플레이오프 경기에서 우승한 구단은 2007 K3리그 챔피언 결정전에 진출한다. 챔피언 결정전은 1･2차전으로 진행되며 챔피언 결정전에 진출한 구단들 중 종합승점이 높은 구단을 기준으로 1차전을 원정경기, 2차전을 홈경기로 한다.
정규 순위
85′
