하플로그룹 R (Y-DNA)는 인류 Y-염색체 DNA 하플로그룹의 하나이다. 현대로부터 27,000년 전 경(후기 구석기시대)에 중앙아시아, 남아시아, 혹은 시베리아에서 발생하였을 것으로 추정된다. 하플로그룹 P로부터 갈라져 나왔으며, R1과 R2로 분기된다. 단일염기다형 M207로 정의된다.

유라시아 대륙 서부와 북아프리카, 북아메리카 북동부에 많이 분포하고 있으며, 유럽인의 이주로 16~17세기 이후부터는 아메리카 대륙 전체에서 고빈도로 보이게 되었다.

• R* 훈자족, 파슈툰인, 카라슈인
• R1（M173）
  • R1a（M420）
  • R1b（M343）
• R2（M124）

R*은 부루쇼인과 파슈툰인에게서 10%, 카라슈인에게서 6% 정도의 빈도로 나타난다.^[1] 시베리아에서 발견된 24,000년 전의 말타-부레티 문화(Mal'ta-Buret' culture) 유적의 인골에서 발견된 바 있다.^[2]

R1계통은 마지막 빙하기 말기에 확산되기 시작한 것으로 보이는데, 유럽, 중앙아시아 등 유라시아의 서부에서는 가장 흔하게 보이는 그룹이다. 또한 대항해시대 이후 아메리카나 오세아니아에도 다수 진출하여 현대에는 하플로그룹 O와 함께 지구상에서 가장 흔한 하플로그룹 중 하나이다. 그러나 혼혈이 확인되지 않는 아메리카 원주민들에게서도 검출되는데, 이에 관해서는 여러 이설들이 있다. R1의 하위 그룹으로는 하플로그룹 R1a와 하플로그룹 R1b가 있다.

하플로그룹 R1a은 인도 북부에서 중앙시아 및 동유럽에서 고빈도로 나타나는 그룹으로, 인도유럽어족의 사템어와 연관되어 있는 것으로 생각된다.

하플로그룹 R1b은 서유럽과 남유럽에 현저히 많이 분포하여 있는 계통이며, 바스크인과 켈트계 민족에게서 80% 이상의 고빈도로 보인다.^[3][4][5][6] 인도유럽어족의 켄툼어와 연관된 것으로 생각된다. 대항해시대 및 식민지화 등에 의한 인구 유동에 따라 아메리카 및 오스트레일리아 대륙에도 분포가 확장되었다. 또한 바시키르인에게서 86%의 고빈도로 나타나는 것도 특징할만하다.^[7] 이러한 흐름과는 별개로, 고대에 아프리카 내륙부로 이동한 R1b 계통의 한 집단이 있었던 것으로 보이는데, 이는 하플로그룹 R-V88로 특정되는 분기계통이 차드어파의 언어를 말하는 카메룬의 한 원주민족에게서도 고농도로 나타나기 때문이다.^[8]

하플로그룹 R2은 R1에 비해 수가 일반적이지 않으며 인도 등 남아시아에 주로 분포하고 있는데, 다만 이베리아반도나 캅카스, 타타르인 등에게서도 나타난 바 있다.

• 말타-부레티 문화