추정상 결핵을 겪었을 것으로 보이는 그는 말라리아로 인해 2년 뒤인 리보르노에서 사망했다. 그의 어머니와 그의 동생 가르치아도 같은 질병으로 며칠 뒤 사망했다.
그의 사망 후 수세기에 걸쳐, 1562년에 분쟁을 일으킨 그의 형제 가르치아가 그를 죽였다는 미신이 생겨났다. 결국 분노한 아버지인 코시모가 그를 칼로 죽였다는 것이였다. 그러나 오늘날의 발굴에서 신체에 어떠한 폭력의 흔적이 없었고 1562년에 말라리아로 사망했다는 것만을 보여줬다.
그의 아버지 코시모는 같은 이름인 또다른 아들을 두었다(그는 돈 조반니 데 메디치로 잘 알려져있다).