해상보안청법 제25조에 의해, 해상보안청은 군대가 아닌 것으로 규정되어 있다. 연안경비대는 국제적으로 준군대로 규정되어 있어, 일부 국가에서도 해군과 연안경비대를 함께 두는 경우가 있는데, 이것은 영해를 침범하거나 한 어민이나 항해자들을 대응하기 위한 기관으로, 군대보다는 해안경비대, 경찰 등의 준군사조직으로 하는 것이 해당 사건이 분쟁화 되는 것을 막기에 유리하기 때문이다.
다만 유사시의 방위나 특별히 필요할 때 내각총리대신의 명령에 의해 치안을 유지하기 위해 출동하는 경우에는 방위대신의 지휘하에 들어갈 가능성이 있다. 이것은 해상보안청의 모델이 된 미국의 해안경비대가 전시에는 미국 해군의 지휘에 따라 군대로 운용되는 규정을 본뜬 것이다. 다만 방위대신이 지휘하는 경우에도, 그 행동 범위나 활동 권한은 평시와 마찬가지로 자위대의 필요에 의해 경비 등의 비전투 임무 위주로 운용하는 것으로 제한된다고 여겨진다.
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