서울대학교 교수로 재직하던 1986년에 북한에서 금강산댐을 지으면 서울이 물바다가 된다고 발언하여 사회적 파장을 몰고온 바 있다. 당시 TV에 출연하여 63빌딩 미니어처에 절반까지 물을 채운 서울대 교수가 바로 선우중호이다. 국무총리로 발탁된 전임 이수성 총장의 뒤를 이어 서울대학교 총장에 취임하였으나, 딸의 고액과외로 사회적 물의를 일으켜 2년 반만에 사임하였다. 이후, 교육과학기술부의 승인을 얻어 2008년 6월 17일 제5대 광주과학기술원 총장으로 취임하였다.
