GSL 2회 우승 및 1회 준우승을 차지하면서 한 때 같은 팀의 선배 황제 임요환의 뒤를 이을 황태자로 불리기도 했다. 2012년 11월 슬레이어즈의 해체로 팀 에이서에 입단했으며 2015년 5월 5일 국내팀인 스베누에 합류했으나 단 해외에서는 에이서 소속으로 활동했다. 2015년 12월 1일 스베누와 결별했으며 12월 17일 홈스토리컵 시즌 12 이후 은퇴를 선언했다가 번복하고 2017년 10월 24일 군 전역 후 스타크래프트2 프로게이머로 복귀한 문성원 코치는 2017년 11월 2일 친정팀인 팀 엑스퍼트로 복귀하였다가 2018년 11월 2일 Gen.G 오버워치 컨텐더스팀의 코치로 부임했다. 그리고 2019년 10월 30일 오버워치 리그 태평양 컨퍼런스 동부지구 소속팀인 서울 다이너스티의 코치에 임명되었다.
2010년 스타크래프트 II가 출시되며 스타크래프트 II 게이머로 전향하였다. 2011년부터 본격적으로 스타크래프트 II 게이머로 활동하기 시작하였다. 2011년 초반, 팀을 만들려고 하던 임요환은 SKTelecom T1 시절 때부터 지켜봐왔던 문성원을 입단시키게 되었다. 문성원은 글로벌 스타크래프트 II 팀 리그 March의 결승전의 9세트에서 최강의 테란으로 손꼽히는 정종현을 잡았다. 글로벌 스타크래프트 II 팀 리그 May에서는 슬레이어스가 2연속 결승에 진출하는데에 한 몫을 했고, 특히 MVP의 박수호와의 9세트는 의료선 견제로 역전승을 거두어 주목을 받았다.
문성원은 해외 대회인 MLG 콜롬버스에서 우승을 거두었고, LG 시네마 3D 슈퍼 토너먼트에서는 결승전까지 진출하며 최성훈을 상대로 압도적인 승리를 거둘것으로 예상되었다. 그런데 오히려 0:4로 패하면서 충격에 빠졌고, GSL에서도 예선까지 떨어지고 말았다. 다행히, GSL과 MLG의 연계 방안으로 코드 S로 바로 승격됐다.
문성원은 2012 핫식스 GSL 시즌1 32강 조별예선에서 고병재, 최정민을 차례차례 격파하며 4전전승으로 16강 조별예선에 직행했다. 그 뒤, 곧바로 우크라이나 키예프에서 열리는 MLG
에 참가하여 우승을 차지했다. 16강 조별예선에서는 김학수만 두 번 물리치며 5승4패로 8강진출에 성공했다.
2011년에 비해 많은 방식이 달라졌고, 상금도 커진 GSTL의 2012년 개막전은 SlayerS vs FXO였다. SlayerS의 선봉 최재원이 2킬을 거두며 기분 좋게 출발했으나, 곧바로 이인수가 3킬로 되갚아주며 2:3으로 스코어를 역전시켰다. 다급해진 SlayerS는 문성원을 내보냈다. 문성원은 이인수의 4킬을 막고, FXO의 에이스인 이동녕과 김학수를 물리치며 3킬을 기록, 5:3으로 경기를 끝냈다. 특히 이동녕과의 저그전은 앞으로 SlayerS를 상대하는 모든 팀이 저그 선수를 꺼내들기 상당히 어렵게 되었다고 극찬을 받았다.
실제로 문성원을 이겨본 저그는 임재덕, 박수호밖에 없으며 둘을 상대로도 각각 2:1, 5:4의 전적을 기록하고 있다.(임재덕과 박수호를 상대로 승률이 앞서는 게이머는 정종현, 문성원을 제외하고는 없다고 봐도 무방하다.)
↑GSL 코드 S 1회 우승. 블리자드 컵 1회 우승. 슈퍼 토너먼트 1회 준우승. WCS 2회 우승, 2회 준우승. MLG 1회 우승, 1회 준우승. IEM 1회 우승. Iron Squid 1회 우승. DreamHack 1회 우승. HomeStory Cup 1회 우승.
