음력 6월 혼노지의 변에서 오다 노부나가가 그의 가신 아케치 미쓰히데의 모반으로 죽은 후, 오다 가문의 새로운 영지인 시나노는 정세가 불안하였고 통치가 불가능했다. 이로 인해 나가요시는 자신의 옛영지인 미노의 가네야마 산성으로 귀환하였다.
인접한 나에키 성주 도야마 도모타다가 도쿠가와 이에야스의 편에 서서 나가요시와 적대하였다. 이때문에 하시바 히데요시에 접근해 그의 후원을 얻었다. 그 후, 나에키 성주 도모타다를 추방해 미노 동부 지배를 확고히 하였다.
덴쇼 12년(1584년) 고마키·나가쿠테 전투에 참전하였지만, 여러 전투에서 패배하였다. 자신의 실패를 만회하고자 장인인 이케다 쓰네오키(池田恒興)와 함께 별동대를 이끌고 미카와로 잡입 기습하려는 차에 이를 간파한 도쿠가와 이에야스 군에 역습을 받아 전사하였는데 미간에 총포를 맞아 즉사했다고 한다. 향년 27세였다.
