농림축산검역본부 서울지역본부(農林畜産檢疫本部 -地域本部)는 농림축산검역본부의 소속기관이다. 2013년 3월 23일 발족하였으며, 서울특별시 강서구 등촌로39가길 46에 위치하고 있다. 본부장은 서기관 또는 기술서기관으로 보한다.

• 2011년 6월 15일: 농림수산검역검사본부 서울검역검사소로 개편.
• 2013년 3월 23일: 농림축산검역본부 서울지역본부로 개편.

• 서울특별시
• 경기도 고양시·광명시·구리시·김포시·남양주시·동두천시·부천시·성남시·양주시·의정부시·파주시·포천시·하남시·가평군·양평군·연천군^[1]
• 강원도

• 운영지원과^[2]
• 축산물위생검역과^[3]
• 식물검역과^[4]
• 전염병검사과^[5]

소장은 농업사무관·수의사무관·농업주사 또는 수의주사로 보한다.

• 대한민국 농림축산식품부
• 농림축산검역본부