1966년 1월 육군 장교 존슨 아그이 이론시가 중앙 및 지방 정부를 혼란에 빠뜨려 총리를 죽이고 쿠데타를 일으켜 제1공화국을 붕괴시키고 2대 대통령이 되었다. 이에 1966년 7월 야쿠부 고원과 무르탈라 모하메드의 쿠데타로 이론시가 암살당하고 고원이 3대 대통령이 되었다.
1975년무르탈라 모하메드의 쿠데타로 고원이 해임당하고 모하메드가 4대 대통령이 되었으나 그 역시 1976년 고원의 쿠데타 세력에게 암살당했고 그의 후계자 올루세군 오바산조가 쿠데타를 진압하고 5대 대통령으로 올라 나이지리아 최초의 민간 정부를 세웠다.
1979년 10월 오바산조 대통령이 세후 샤가리 대통령에게 민정 이양을 실시하여 나이지리아 제2공화국을 수립하고 미국식 헌법에 의한 민정이 실시되었으나 선거 후유증으로 인한 혼란이 계속되는 가운데 1983년12월 31일무함마두 부하리 장군이 7대 대통령으로 등장해 제2공화국이 붕괴되고 다시 군사 정부가 수립되었다.
