세 노선 모두 섬식 승강장 1면 2선의 지하역이다. 긴자선과 마루노우치선의 승강장은 지하 2층에, 히비야선의 승강장은 지하 3층에 위치하고 있다. 세 노선은 개찰 내 연결통로를 경유함으로써 개찰 내에서 환승이 가능하다.
마루노우치선이 건설되었을 당시에는 긴자선의 승강장은 개찰구 안에서 접속되지 않고, 니시긴자역이라는 별개의 역으로 개업했다. 나중에 히비야선의 긴자역이 개업하고 히비야선을 통해 긴자 선과 연결되면서 마루노우치선의 역도 긴자역으로 개명하고 긴자선과 히비야선의 긴자역과 동일역이 되었다. 긴자선 상행 발차는 "銀座カンカン娘A" 하행 발차는 "銀座カンカン娘B", 마루노우치선 상행 발차는 "明目の扉" 하행 발차는 "小鳥の行進"이다.