პეჩერის მამათა ამაღლების მონასტერი დააარსა დიონისე სუზდალელმა1328 და 1330 წლებს შორის, ნიჟნი-ნოვგოროდის ახლოს, მდინარე ვოლგის ნაპირზე. რამდენიმე წყარო მიუთითებს, რომ მონასტერი დააარსა იური ვსევოლოდის ძემ1219 წელს. მაგრამ საზოგადოდ აღიარებულია, რომ მონასტრის შემქმნელი არის წმინდა დიონისე, რომელიც რამდენიმე ბერთან ერთად წამოვიდა კიევ-პეჩერის ლავრიდანნიჟნი-ნოვგოროდში და გამოკვეთა გამოქვაბული ქალაქიდან სამ ვერსში, სადაც დასახლდნენ კიდეც.
დაახლოებით 1335[1] წელს სწორედ ამ ადგილზე დიონისემ დააარსა მონასტერი, უფლის ამაღლების სახელზე.
მონასტერი მკაცრ სამონასტრო პრინციპებზე იყო დამყარებული: ბერებს არ ჰქონდათ პირადი ქონება; ყველა ქონება იყო საერთო; ყველა მუშაობდა საკუთარი საკვებისთვის; იღუმენის კურთხევის გარეშე ვერავინ გაცდებოდა მონასტრის კარებს.
მონასრს ვაარსებიდან ძალიან მალევე იგი გადაიქცა ნიჟნი-ნოვგოროდისა და სუზდალის სამთავროს უმნიშვნელოვანეს სასულიერო და კულტურულ ცენტრად. ამ პერიოდში მონასტრის კედლებში ბერმა ლავრენტიმ შექმნა ლავრენტის მატიანე. წმინდა დიონისეს სულიერ შვილებს შორის ორი ნიჟნი-ნოვგოროდელი შერაცხეს წმინდანად: ექვთიმე სუზდალელი და მაკარი ჟელტოვოდელი. გადმოცემის მიხედვით ისინი დაიბადნენ მეზობელ სახლებში მოედანთან, რომელიც ნიჟნი-ნოვგოროდის მენელსაცხებლე დედათა ეკლესიას ესაზღვრებოდა. ისინი პეჩერის მონასტერში სხვადასხვა დროს მივიდნენ და გახდნენ მონასტრის ბერები. მოგვიანებით ისინი გახდნენ ახალი მონასტრების ფუძემდებლები.
XVI საუკუნეში მონასტერმა აყვავების მწვერვალს მიაღწია, მაგრამ 1597 წელს პეჩერის მონასტერმა უდიდესი უბედურება განიცადა: 18 ივნისს, ღამის სამ საათზე, მიწის დიდი ნაწილის მოწყვეტამ მონასტერი გაანადგურა. მეწყერის შედეგად არავინ დაღუპულა, თუმცა თითქმის მთელი სამონასტრო კომპლექსი განადგურდა. იყო საშიშროება, რომ მონასტრის ზემოთ არსებული მთა ისევ მოწყვეტილიყო. ამის გამო, იავე 1597 წელს მონასტერი გადაიტანეს ვოლგის ზემო დინების მიმართულებით ერთ ვერსზე, ხოლო ძველ ადგილზე შექმნეს ფერისცვალების ეკლესია. ითვლება, რომ ეროვნული გმირის, კუზმა მინინის მამამ შეიტანა მნიშვნელოვანი წვლილი ახალი მონასტრის მშენებლობაში.
ზოგიერთი მიიჩნევდა, რომ მონასტრის დანგრევა იყო დიდი უბედურების წინასწარმეტყველება. რაც ასრულდა კიდეც: რამდენიმე წლის შემდეგ რუსეთში დაიწყო არეულობის ხანა.
1640-1650-იან წლებში ნიჟნი-ნოვგოროდელმა არქიტექტორმა ანტიპ კონსტანტინოვმა ააგო სამონასტრო ანსამბლი, მათ შორის ამაღლების ტაძარი, სამრეკლო, მიძინების ტაძარი სატრაპეზო დარბაზით, ექვთიმე სუზდალელის კარის ეკლესია, წინამძღვრის სასახლე და კელიების კორპუსი მაკარის სახელობის ტაძრით. ქვის ღობე და მცირე კარის ეკლესია ააგეს მოგვიანებით 1765 წელს. სხვადასხვა დროს მონასტერს ჰქონდა თავისი საავადმყოფო და სათნოების სახლი.
პეჩერის მონასტერი აღადგინეს 1994 წელს. 1999 წლიდან მონასტრის მამასახლისია არქიმანდრიტი ტიხონი (ზეტიოკინი).
პეჩერის მონასტრის წინამძღვრად ითვლება ნიჟნი-ნოვგოროდის ეპარქიის ეპისკოპოსი. 2003 წლიდან წინამძღვარია მიტროპოლიტი გიორგი.
მონასტრის საძმო 2004 წლისთვის მოითვლიდა 14 ადამიანს. მონასტრის ტერიტორიაზე განთავსებულია ნიჟნი-ნოვგოროდის ეპარქიის ისტორიის მუზეუმი.
2007 წლის დეკემბერში დააყენეს მიძინების ტაძრის კანკელის კარკასი[2]. 2008 წლის 31 დეკემბერს მიტროპოლიტმა გიორგიმ აკურთხა მიძინების ეკლესია[3].
ნიჟნი-ნოვგოროდის მიწაზე ოთხდღიანი ვიზიტის ფარგლებში პატრიარქი კირილი არაერთხელ ესტუმრა მონასტერს. პირველი ვიზიტის დროს მონასტერს გადასცა ყაზანის ღვთისმშობლის ხატი[4].
2010 წლის 15 მარტს მიძინების ტაძარში უკანასკნელი 80 წლის განმავლობაში პირველად შედგა ბერად აღკვეცის ცერემონიალი[5]. მამასახლისი ტიხონი აღკვეცეს მცირე სქემაში[5].
2010 წლის 31 დეკემბერს მიტროპოლიტმა გიორგიმ შეასრულა კარის ეკლესიის კურთხევა ექვთიმე სუზდალელის სახელზე. რესტავრაცია მიმდინარეობდა ორი წლის განმავლობაში. ამ პერიოდში ხატმწერებმა ვლადიმირიდან ეკლესია მოხატეს ძველ რუსულ სტილში[6].