ინსტიტუტი დაარსდა 1972 წელს, ხოლო 2003 წლის 1 ოქტომბერს კი იაპონიის საგარეო საქმეთა სამინისტროს დაუქვემდებარდა იგი და ამით იაპონიის საგარეო კულტურულ პოლიტიკას დაუკავშირდა. იაპონური კულტურის გავრცელების მიზნით ამ ინსტიტუტის ხელშეწყობით სხვადასხვა ქვეყნებში იხსნება იაპონური ენისა და კულტურის გამავრცელებელი ახალი კულტურული ცენტრები, ტარდება ღონისძიებები, ეწყობა იაპონური ენის შემსწავლელი კურსები, მიმდინარეობს სტუდენტთა გაცვლა. იაპონიის ფონდი ატარებს JLPT-ს სახელით ცნობილ და საერთაშორისო მასშტაბით ერთ-ერთ ყველაზე გავრცელებულ გამოცდას.
იაპონიის ფონდს 21 ფილიალი აქვს გახსნილი მსოფლიოს 19 სახელმწიფოში. მთავარი შტაბ-ბინა მდებარეობს ქალაქ ტოკიოში. ქალაქ კიოტოშიც ფუნქციონირებს ინსტიტუტის ბიურო.