Awale setatsiyun iki nduwe papat jalur sepur karo jalur 2 marupakan sepur lurus. Sawise jalur ganda ing petak setatsiyun iki ngasi Setatsiyun Waruduwur resmi dioperasikake wiwit pertengahan Juni 2013[3] lan kemudian ngasi Setatsiyun Brebes per 10 Desember 2013[4], operasional setatsiyun iki dipindahake ning bangunan anyar berukuran luwih gedhe sing berjarak 400 meter ing sebelah kulon bangunan lawas. Jumlah jalur ing emplasmen setatsiyun anyar iki juga papat karo jalur 2 lan 3 berturut-turut marupakan sepur lurus arah Cirebon lan arah Semarang. Bangunan lawas setatsiyun sing marupakan peninggalan Semarang–Cheribon Stoomtram Maatschappij (SCS) tetep dipertahankan, tapi uwis ora digunakan maneh. Selain itu, sistem pasinyalan elektrik sing lawas uwis diganti karo sing anyar gawean PT Len Industri.