別所川（べっしょがわ）は、日本全国各地を流れる河川名称。

• 別所川 (秋田県) - 秋田県鹿角市・大館市を流れる米代川水系の一級河川。
• 別所川 (新潟県) - 新潟県上越市を流れる関川水系の一級河川。
• 別所川 (福井県) - 福井県三方上中郡若狭町を流れる早瀬川水系の河川。
• 別所川 (長野県) - 長野県東筑摩郡筑北村を流れる信濃川水系麻績川支流の一級河川。
• 別所川 (静岡県) - 静岡県浜松市浜名区を流れる都田川水系獺淵川支流の河川。
• 別所川 (京都市) - 京都府京都市を流れる淀川水系桂川支流の一級河川。
• 別所川 (和束町) - 京都府相楽郡和束町を流れる淀川水系和束川支流の準用河川。
• 別所川 (和歌山県) - 和歌山県日高郡日高川町を流れる日高川水系の二級河川。
• 別所川 (伯耆町) - 鳥取県西伯郡伯耆町を流れる日野川水系の一級河川。
• 別所川 (琴浦町) - 鳥取県東伯郡琴浦町を流れる本流の準用河川。
• 別所川 (三豊市) - 香川県三豊市を流れる財田川水系の二級河川。
• 別所川 (東かがわ市) - 香川県東かがわ市を流れる与田川水系の二級河川。

• 別所沢（べっしょざわ） - 宮城県を流れる鳴瀬川水系の川。
• 別所谷川（べっしょたにがわ） - 岡山県を流れる高梁川水系の準用河川。

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