アトランタは1887年7月までニューヨーク海軍工廠に留まり艤装および修正が行われ、その後北大西洋戦隊に加わった。2年ほどの間、大西洋岸、メキシコ湾および西インド諸島を巡航し、1889年9月30日に発展艦隊 (Squadron of Evolution) に配属され、その年の冬はヨーロッパと地中海を巡航した。帰還の途中にブラジルへの親善訪問を行い、1890年7月末にニューヨークに帰還した。ニューヨークを拠点として東海岸沿いおよび西インド諸島での任務を再開する。1891年2月から4月にかけてメキシコ湾を巡航している。5月から10月にかけて大西洋岸での作戦活動に従事し、ボストンおよびニューヨークでの艦隊演習に参加、海軍民兵の訓練も行った。1891年10月から1892年7月まで東海岸沿い、西インド諸島および南米海域での任務を成功裡に完了した。
1905年11月、アトランタはノーフォークに移動し水雷小艦隊の水兵のためのバラック船として1909年まで使用された。その後サウスカロライナ州チャールストンへ移動し、同地でもバラック船として使用される。1912年3月23日、アトランタは任務を解かれ1ヶ月後の1912年4月24日に除籍された。アトランタは1912年6月10日にチャールストンの Frank Rijsdyk's Scheepsslooperij 社に売却された。
