理学研究科(りがくけんきゅうか、英称:The Graduate School of Science)は、日本の大学院研究科のうち、理学に関する高度な教育・研究を行う機構の1つである。
主に、理学部の上位に連続した形で設置され、博士前期課程(修士課程)および博士後期課程(博士課程)あるいはそれに相当する課程で構成される。構成は研究科によって多少異なるが、主に数学、物理学、化学、生物学、地球科学などに関する専攻が設置されている。学位は、修士課程は修士(理学)を、博士課程は博士(理学)を修めることができ、他は、それに相当する専攻名称等に応じた学位を修める。
また、理学部を基礎とする大学院研究科が自然科学研究科など「理学」を含まない名称になっている大学もある。
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