本宗寺(ほんしゅうじ)は、愛知県岡崎市美合町にある浄土真宗本願寺派の寺院。山号は土呂殿。本尊は阿弥陀如来。
1468年(応仁2年)、本寺は蓮如上人によって創建された。創立当時は土呂(現在の福岡町)にあった。蓮如上人に続いて、第九世実如も本宗寺を拠点として三河門徒教化につとめ、四男の実円を本宗寺の初代住職に任じた。
1559年(永禄2年)、朝廷より勅許院家に列せられた。
三河一向一揆(1563年〜1564年)の際、徳川家康は本願寺門派の寺院道場をことごとく破壊。本寺も永禄7年(1564年)2月28日に焼失した。家康は「国内宗門御停止」を命じ、寺の住職は他の地に移った。その後、石川家成の母で家康の叔母である妙西尼の再三の嘆願によって、天正13年(1585年)12月に宗門再興の赦免状が発せられ、本宗寺は復興を許された。
1611年(慶長6年)、現在の地(美合町)に移転。幕府より75町歩を与えられる。この寺領は明治維新後に国有化され、現在は愛知県立農業大学校の敷地となっている[1]。
1968年(昭和43年)、不審火で本堂を焼失。現在の本堂は1973年(昭和48年)に再建されたものである。
1987年(昭和62年)7月15日、絹本著色芳春院妙西尼公像が岡崎市の文化財に指定された[2]。
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