全体は、北岸は有明海に面する。その西部、半島の付け根部の有明海は諫早湾と呼ばれる。東岸から東南岸は有明海の開口部である島原湾に面し、熊本市、宇土半島、天草上島と対峙する。南端は瀬詰崎といい、ここから早崎瀬戸を挟んで天草下島まで 4.4 km ほどである。西岸は橘湾に面し、長崎半島に対峙する。半島中央の幅は約 15 km 、長さは測り方によるが約 40 km である。
半島中心部は雲仙と呼ばれ、普賢岳の標高は 1359.3 m 、平成新山は 1486 m である。雲仙温泉などの温泉にも恵まれている。
