チームタイムトライアル・アイントホーフェン2006は、チームタイムトライアル・アイントホーフェンの2回目のレース。2006年6月18日に行われた。

アイントホーフェン 48.6km

	チーム名	国籍	時間
1	チームCSC	デンマーク	52分28秒
2	ディスカバリーチャンネル	アメリカ合衆国	+ 42秒
3	ゲロルシュタイナー	ドイツ	+ 55秒
4	フォナック	スイス	+ 1分25秒
5	ダヴィタモン・ロット	ベルギー	+ 1分31秒