Zanele Muholi è l'ultimogenita di una famiglia di cinque figli. Comincia a lavorare come parrucchiera, sognando di diventare una fotografa e un'attivista LGBTQI[1].
Tra il 2002 e il 2003 segue una formazione avanzata nel campo della fotografia a Newtown, Johannesburg, alla scuola Market Photo Workshop[2]. Presenta la prima mostra personale nel 2004 alla Johannesburg Art Gallery.
Zanele Muholi ha iniziato a lavorare come fotografa e giornalista per Behind the Mask, una fanzine online che si occupa di questioni LGBTQI in Africa.
Nel 2002, ha contribuito a fondare il Forum for the Empowerment of Women, organizzazione di lesbiche nere dedicata a fornire un safespace che permetta alle donne di incontrarsi e organizzarsi. Successivamente, documenta i crimini commessi contro la comunità gay, in particolare per quanto riguarda lo stupro correttivo[3].
È molto esposta e conosciuta anche all'estero. Tra le sedi che hanno ospitato i suoi lavori ricordiamo il CCA di Lagos, la Kunsthalle Wien Project Space di Vienna, il Michael Stevenson di Cape Town[4], Le Case d'Arte di Milano, il Fred Mann di Londra e l'esposizione che ha avuto luogo all'Afrovibes Festival di Amsterdam.
Nel 2009 fonda Inkanyiso, un'associazione di attivismo visivo al servizio della comunità LGBTQI[5], il cui motto è "Produrre, educare, diffondere" .
Nel 2010 codirige il documentarioDifficult Love[6], presentato in vari festival internazionali. Si tratta del suo primo lungometraggio, che era stato preceduto par un'incursione nel corto, Enraged by a Picture, nel 2006[7].
Nel 2013 è nominata professoressa onoraria di cinema e fotografia presso l'Accademia di Brema, in Germania[8].