Nativo di Alqosh nel nord dell'Iraq, alunno dei Gesuiti nel seminario di Ghazir (Beirut) in Libano, fu ordinato sacerdote il 10 luglio 1879; giovane sacerdote fu incaricato della direzione del seminario patriarcale di Mosul fino a quando fu consacrato vescovo di Seert il 24 luglio 1892. Alla morte di Audishu V Khayyat fu scelto all'unanimità dal sinodo della Chiesa caldea come nuovo patriarca (9 luglio 1900) e venne confermato da papa Leone XIII il 17 dicembre del medesimo anno.[2] Il suo patriarcato, durato 47 anni, fu il più lungo della storia della Chiesa caldea. Emmanuel II morì il 21 luglio 1947. È sepolto nella chiesa Mart Meskinta di Mosul.[3]