Nel 1917 lascia i teatri imperiali e lavora nella sezione teatrale del Commissariato per l'Istruzione. La sua poetica ne è profondamente condizionata: nel 1920 fonda a Mosca un nuovo teatro, il Teatr RSFSR 1 ("Teatro Mejerchol'd" dal 1923), e qui rivisita in chiave rivoluzionaria molti classici del teatro russo ed europeo (tra gli altri Albe di Verhaeren, 1920; Mistero-Buffo di Vladimir Majakovskij, 1921; Il revisore di Nikolaj Gogol', 1926; Che disgrazia l'ingegno! di Griboedov, 1928; Dama delle camelie di Alexandre Dumas, 1934; 33 svenimenti da atti unici di Anton Čechov, 1935). A lui si devono la ricerca e le regole nel campo della biomeccanica dell'attore che avranno grande influenza nella pedagogia teatrale successiva. Si interessò a numerosi saggi sulla tecnica registica e sull'arte della recitazione, scritti dal docente, attore e regista Aleksandr Pavlovič Lenskij.[1]
Negli anni trenta è sempre più nel mirino della critica ufficiale che lo accusa di trotskismo e di tendenze contrarie al realismo socialista e va incontro ai suoi anni più bui; la stampa lo attacca, i suoi spettacoli vengono vietati ed è sospeso l'avanzamento del suo progetto per la costruzione di un nuovo teatro. Il 17 dicembre 1937 la Pravda pubblica un violento attacco a firma Platon Michajlovič Keržencev in cui il teatro e l'intera carriera di Mejerchol'd vengono accusati di essere estranei e ostili alla società sovietica. Il 20 giugno 1939 viene arrestato dopo essersi categoricamente rifiutato di sospendere le prove dell'opera Semën Kotko di Sergej Prokof'ev.[2] Nei mesi successivi, sotto tortura, gli vengono estorte dichiarazioni in cui si dichiara militante antirivoluzionario e trockista. Il 1º febbraio 1940 è condannato a morte, la sentenza è eseguita il giorno successivo mediante fucilazione. Anche la moglie di Mejerchol'd, Zinaida Reich, attrice negli spettacoli del Teatro Mejerchol'd, viene uccisa in casa, accecata e massacrata a coltellate.
Angelo Maria Ripellino,Il trucco e l'anima. I maestri della regia nel teatro russo del Novecento, Torino, Giulio Einaudi Editore, 1965 e 2002. ISBN 9788806162474.
L'attore biomeccanico, Testi raccolti e presentati da Nicolaj Pesočinskij, a cura di Fausto Malcovati, Milano, Ubulibri, 1993. ISBN 9788877481238.
1918. Lezioni di teatro, a cura di Fausto Malcovati, traduzione di Fausto Malcovati e Cristina Moroni, Bologna, Cue Press, 2020. ISBN 9788899737214.
I 33 svenimenti. L'ultimo spettacolo di Mejerchol'd, a cura di Fausto Malcovati, traduzione di Fausto Malcovati e Emanuela Guercetti, Bologna, Cue Press, 2020. ISBN 9788855100908.
L'ottobre teatrale, 1918-39, a cura di Fausto Malcovati, traduzione di Silvana de Vidovich, Bologna, Cue Press, 2020. ISBN 9788855100076.
L'attore biomeccanico, a cura di Fausto Malcovati, traduzione di Maria Rosaria Fasanelli e Fausto Malcovati, con Nikolaj Pesočinskij, Bologna, Cue Press, 2019. ISBN 9788899737177.