Nel pre-campionato la squadra spagnola gioca la prima partita di relativa importanza nel "Trofeu Taronja", un match in cui affronta il Porto e vince ai tiri di rigore dopo l'1-1 dei tempi regolamentari. Nella roulette dei rigori l'assoluto protagonista è Diego Alves, portiere del Valencia[13], che para due rigori[14]. Il 4 agosto è la data per cui è organizzata l'amichevole con l'Indonesia, terminata con un indiscutibile successo per 5-0 a favore del Valencia[15]. Cinque giorni dopo si disputa al Mestalla l'incontro con il Tottenham valido per il "Trofeo Estrella Damm" utilizzato anche come partita di presentazione per la squadra. La partita si conclude con un 2-0 per la squadra di casa[16]. L'ultimo match degno di nota giocato prima dell'inizio della stagione conta solo per il "Trofeo Ciudad de Alcoy" che vede imporsi la squadra di Primera División per 0-3[17].
La stagione non comincia nel migliore dei modi, infatti nelle prime tre giornate di campionato i pipistrelli conquistano solo 2 punti, anche a causa dei match esterni con Real Madrid e Barcellona. Segue un'alternanza di vittorie casalinghe (Celta Vigo, Real Saragozza, Athletic Bilbao), che giungono al culmine nell'affermazione sull'Atletico Madrid, terzo in classifica, e sconfitte fuori casa: ne sono l'emblema l'insuccesso con il Maiorca, ultimo in classifica, e il derby perso con il Levante. Alla 14ª giornata si disputa un incontro importantissimo riguardo alla conquista del 4º posto alla fine del campionato: la partita vede di fronte il club Valenciano e la Real Sociedad, la quale si impone per 5-2 contro un avversario ridotto in dieci uomini per un tempo. A seguito di questa sconfitta viene esonerato l'allenatore Mauricio Pellegrino[2], che verso la fine del girone d'andata ha portato la squadra al 12º posto in classifica. Subentra nel ruolo di allenatore Ernesto Valverde due giorni dopo la sconfitta, ovvero il 3 dicembre[4]. Con la guida dell'allenatore spagnolo il Valencia chiude positivamente il girone d'andata, vincendo 4 gare su 5 disputate.
Il ritorno comincia con una netta sconfitta al Mestalla per 5-0 contro il Real Madrid; la squadra riesce comunque a reagire ottenendo una serie positiva di 6 partite, andando anche a pareggiare per 1-1 al Camp Nou contro il Barcellona. Il buon periodo di forma prosegue anche dopo la sconfitta a Bilbao con l'Athletic, e permette di ottenere un'ottima vittoria contro il Malaga (il tabellino recita 5-1 per la squadra allenata da Valverde). In questo periodo si svolge una partita per celebrare il 90º anniversario dalla fondazione del Castellón[23], nella quale si impone per 1-5 il club con presidente, anche se ancora per poco, Llorente[24]. Nel turno successivo al Valencia tocca un altro avversario nella lotta per l'ultimo posto disponibile in Champions: all'Anoeta è però ancora la Real Sociedad a spuntarla. Successivamente vengono conquistate tre vittorie consecutive, due addirittura finite in goleada (4-0), e così viene raggiunta la squadra di San Sebastián che nelle partite successive alla vittoria nello scontro diretto raccoglie solo 4 punti, frutto di una vittoria, un pareggio e una sconfitta. Il sorpasso arriva alla penultima giornata[12] grazie alla vittoria sul Granada e al contemporaneo pareggio tra la Real Sociedad e il Real Madrid[25]. Ma all'ultima giornata giunge il controsorpasso: la squadra basca vince per 1-0 a La Coruña[26], mentre il Valencia viene superato per 4-3 dai padroni di casa del Siviglia grazie a una grande partita di Negredo (quattro gol)[27] e anche a causa di una terna arbitrale non all'altezza della situazione[28][29][30]. I pipistrelli, quindi, nella prossima stagione, non parteciperanno ai turni preliminari della Champions, bensì dovranno accontentarsi dell'Europa League[31]
In Champions League il Valencia si trova nel girone con Bayern Monaco, Lille e Bate Borisov[32]. Dopo l'iniziale sconfitta all'Allianz Arena contro i tedeschi[33], la squadra spagnola infila tre vittorie consecutive, infliggendo anche la prima sconfitta stagionale al BATE[34]. Il Valencia ipoteca così il passaggio del turno, che puntualmente arriva grazie ai 13 punti conquistati[35]; tuttavia non riesce a ottenere il primo posto del girone. Infatti conclude a pari merito con il Bayern Monaco e si ritrova seconda per via degli scontri diretti a sfavore[36]. Agli ottavi viene sorteggiata la sfida con il Paris Saint Germain: l'incontro d'andata sorride ai francesi che si impongono per 2-1 al Mestalla, mentre al ritorno viene sancita l'eliminazione del Valencia che non ribalta il risultato d'andata, pareggiando per 1-1[37].
Sempre durante questa stagione i blanquinegros[38] salgono, inizialmente, al 9º posto nel Ranking UEFA, ma vengono poi superati dal Benfica che conquista la finale dell'edizione 2012-2013 dell'Europa League[39].
Nella coppa nazionale, invece, il Valencia supera agevolmente ai sedicesimi il Llagostera, club di Segunda División B. In questa sfida viene raggiunto il minimo stagionale di spettatori al Mestalla. Il turno successivo viene eliminato l'Osasuna che, in stagione, su quattro incontri ufficiali, è stato sconfitto tutte le volte. La marcia nella coppa del re viene fermata ai quarti dal Real Madrid, a cui si deve arrendere per 2-0 al Santiago Bernabéu[40]. Di conseguenza non è sufficiente il pareggio ottenuto al ritorno per 1-1[41][42].
Maglie e sponsor
Nella stagione 2012-2013 la Jinko Solar, società cinese impegnata nell'utilizzo dell'energia solare, inizia la prima stagione intera come sponsor principale del Valencia (l'accordo tra il produttore di pannelli fotovoltaici e Manuel Llorente è stato preso a inizio febbraio del 2012[43]). Il secondo sponsor sulla maglia è MSC Crociere, a cui viene dedicato uno spazio sulla manica sinistra.
È invece la Joma il fornitore dell'abbigliamentosportivo. La società spagnola, leader nel proprio settore, è anche lo sponsor tecnico del club valenciano[44].
Casa
Trasferta
Terza divisa
Organigramma societario
Area direttiva
Presidente del consiglio: Vicente Andreu
Membri del consiglio: Manuel Llorente, Társilo Piles Guaita, Vicente Gil Alcayde, Fernando Giner Gil
La sessione estiva del mercato della società iberica è caratterizzata dal fair play finanziario, a causa dell'enorme debito accumulato[50]. I rinforzi principali sono stati l'acquisto del terzino del LioneAly Cissokho, costato 6 milioni di euro e servito a rimpiazzare il partente Jordi Alba, e l'arrivo del giovane Canales che viene riscattato dal Real Madrid per 7,5 milioni di euro, diventando uno dei 20 acquisti più onerosi del Valencia al momento della trattativa[51]. Dal club madrileno viene anche acquistato Gago. Vengono inoltre presi Valdez del Rubin Kazan (prestito), Guardado (svincolato), e acquistati João Pereira dallo Sporting Lisbona e Jonathan Viera dal Las Palmas. Per far fronte a queste spese vengono ceduti giocatori per far cassa, su tutti Jordi Alba, riscattato dal Barcellona per 14 milioni; altra cessione importante è quella di Pablo Hernández, tramite la quale sono stati ricavati 7 milioni. Altri giocatori venduti sono Mehmet Topal (4,5 milioni di euro ricavati dal Fenerbahçe), Aritz Aduriz e Miguel Ángel Moyà, andato al Getafe. Alla società con sede vicino a Madrid viene anche dato in prestito Paco Alcácer. Vengono infine svincolati parecchi giocatori (Alejandro Domínguez, Hedwiges Maduro, Dealbert, Bruno, Míchel, Miguel).
Fonte: (ES) Estadísticas históricas, su laliga.es. URL consultato il 22 settembre 2015 (archiviato dall'url originale il 7 novembre 2017). Legenda: Luogo: C = Casa; T = Trasferta. Risultato: V = Vittoria; N = Pareggio; P = Sconfitta.
^(ES) Valverde allenatore del Valencia, su valenciacf.com, 3 dicembre 2012. URL consultato il 23 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 2 marzo 2013).
^ab(ES) Manuel Llorente se ne va, su superdeporte.es, 5 aprile 2013. URL consultato il 23 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 2 luglio 2013).
^Viera, su transfermarkt.it. URL consultato il 9 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 16 giugno 2013).
^Andrés Guardado, su transfermarkt.it. URL consultato il 9 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 16 giugno 2013).
^Pablo Hernández, su transfermarkt.it. URL consultato il 9 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 16 giugno 2013).
^Paco Alcácer, su transfermarkt.it. URL consultato il 9 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 16 giugno 2013).
^Domínguez, su transfermarkt.it. URL consultato il 9 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 16 giugno 2013).
^Jordi Alba, su transfermarkt.it. URL consultato il 9 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 16 giugno 2013).
^Topal, su transfermarkt.it. URL consultato il 9 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 16 giugno 2013).
^Aduriz, su transfermarkt.it. URL consultato il 9 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 16 giugno 2013).
^Moyà, su transfermarkt.it. URL consultato il 10 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 16 giugno 2013).
^Maduro, su transfermarkt.it. URL consultato il 10 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 16 giugno 2013).
^Dealbert, su transfermarkt.it. URL consultato il 10 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 16 giugno 2013).
^Bruno, su transfermarkt.it. URL consultato il 10 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 16 giugno 2013).
^Míchel, su transfermarkt.it. URL consultato il 10 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 16 giugno 2013).
^Miguel, su transfermarkt.it. URL consultato il 10 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 16 giugno 2013).
^Il Valencia, messo a confronto con le altre big europee, non acquista nessuno. URL consultato il 31 maggio 2013 (archiviato dall'url originale l'8 febbraio 2013).
^Le statistiche di squadra sono prese da: statistiche Valencia, su it.soccerway.com, soccerway.com. URL consultato il 15 maggio 2013. Per quelle individuali: dati dei giocatori, su it.soccerway.com, soccerway.com. URL consultato il 15 maggio 2013.
^abPer le competizioni europee vengono presi in considerazione solamente i punti ottenuti nei gironi
^Plantillas de Fútbol 11, su valenciacf.com. URL consultato il 30 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 25 giugno 2012).
^Per il Valencia Mestalla: VCF Mestalla, su valenciacf.com. URL consultato il 4 giugno 2013 (archiviato dall'url originale il 24 giugno 2012).
^Clasificación de Fútbol 11, su valenciacf.com. URL consultato il 30 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 25 giugno 2012).