Nel 2012, alla seconda edizione dalla sua creazione, la United Soccer Leagues Professional Division si svolse con undici partecipanti, uno in meno dell'anno precedente a causa del ritiro del FC New York.
Il campionato si svolge con un calendario sbilanciato: ogni squadra disputa 24 incontri di stagione regolare, 12 in casa e 12 in trasferta, incontrando almeno due volte ciascun avversario. Rispetto all'anno precedente si ha l'unificazione delle due division con un'unica classifica finale. Vengono ridotte a 6 le partecipanti ai play-off: le prime due entrano direttamente nelle semifinali mentre le classificate dal terzo al sesto posto disputano un primo turno preliminare. Tutti i turni si disputano ad eliminazione diretta in partita unica.
Alla squadra con più punti al termine della stagione regolare viene assegnata la Commissioner's Cup.
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