Yapool, una malvagia entità extradimensionale intende conquistare la Terra usando dei mostri di sua creazione chiamati Choju (超獣, letteralmente Super Mostri). Il primo Choju mandato sulla Terra, Verokron, devasta Tokyo e affronta la TAC, una squadra speciale creata per combattere contro i mostri. Durante la battaglia, due giovani Seiji Hokuto e Yuko Minami rimangono feriti mortalmente. Prima di morire, i due giovani vengono salvati dai cinque Ultra Fratelli, Ultraman, Zoffy, Ultraseven, Ultraman Jack e Ultraman Ace, che decidono di aiutarli perché hanno rischiato la vita per mettere al sicuro dei bambini e per cercare di sconfiggere Yapool. Ace decide di fondersi con i due giovani che saranno entrambi i suoi alter ego umani che si trasformeranno in Ultraman Ace unendo i due Ultra Ring. Durante il corso della serie Yapool non usa solo i Choju, ma si fa servire anche da altri alieni e da umani corrotti per poter distruggere Ultraman Ace e la TAC.
Dopo aver sconfitto Lunaticks, uno dei Choju più antichi, viene rivelato che Minami è la discendente di una razza aliena che viveva sulla Luna e diede il suo Ultra Ring a Hokuto prima di lasciare la Terra. Da allora, Hokuto è stato l'unico alter ego di Ultraman Ace.
Alla fine della serie, Yapool crea il potente Choju Jumbo King in un tentativo disperato di sconfiggere definitivamente Ultraman Ace ma fallisce miseramente, dopodiché Ultraman Ace fa ritorno nella Nebulosa M78, tornando occasionalmente sulla Terra per aiutare gli Ultraman successivi.
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