Il padre lo iscrisse all'Università Georg-August di Gottinga, dove si laureò in medicina. I suoi principali interessi, però, erano storia e tecnologia. Scrisse trattati su questi argomenti che gli fecero guadagnare una certa reputazione, e li utilizzò nel compiere una serie di viaggi nei Paesi Bassi ed in Germania. Si dedicò anche alla creazione di piccoli manufatti e nel 1802 ottenne un incarico governativo a Jever, anche se l'amore per le esplorazioni geografiche lo portò infine a viaggiare.
Nell'estate del 1802 iniziò a discendere il Danubio con l'amico Jacobsen, che abbandonò l'anno seguente a Smirne. Il suo viaggio lo portò a Costantinopoli, dove rimase sei mesi, prima di proseguire in Anatolia fino a Smirne, per proseguire nel cuore dell'Asia Minore fino ad Aleppo dove rimase dal novembre 1803 all'aprile 1805, imparando la lingua araba e lo stile di viaggio locale. Iniziò la parte dei suoi viaggi di cui fu pubblicato un diario completo (aprile 1808 - marzo 1809), una serie di viaggi in Palestina orientale ed occidentale e nella terra selvaggia del Sinai, da cui raggiunse Il Cairo e Fayyum.
La sua impresa maggiore fu il giro del Mar Morto, che compì in solitaria e travestito da mendicante. Dall'Egitto viaggiò via mare fino a Gedda e raggiunse La Mecca da pellegrino nell'ottobre 1809. Dopo il pellegrinaggio si convertì all'Islam. In Arabia compì numerosi viaggi, da Medina a Lahak per poi raggiungere Mokha, da dove furono scritte le sue ultime lettere dirette in Europa (novembre 1810). A settembre dell'anno dopo ripartì da Mokha nella speranza di raggiungere Mascate, ma fu trovato morto due giorni dopo.
Opera
Per la parte dei suoi viaggi non coperti dal diario pubblicato[1], l'unica fonte scritta sono una serie di lettere e carte contenute nel Monatliche Correspondenz di Franz Xaver von Zach e nel Fundgruben di Joseph von Hammer-Purgstall. Molte carte e raccolte furono si persero a causa della sua morte, o non raggiunsero mai l'Europa. Le raccolte salvatesi sono depositate presso il museo orientale e tra i manoscritti orientali della biblioteca ducale di Gotha.
Lo studioso statunitense Edward Robinson, scrivendo nel 1841, definì Seetzen "giudizioso, intraprendente e infaticabile".[2]