È presente una linea di metropolitana nella capitale, conosciuta con il nome di Panama Metro (in spagnolo: Metro de Panamá), che collega la provincia Los Andes con il centro della città. La linea è sia interrata che sopraelevata ed è stata inaugurata il 5 aprile 2014.
Nella capitale e in altre zone abitate operano aziende pubbliche e private che gestiscono i trasporti urbani, suburbani, interurbani e turistici esercitati con autobus.
Idrovie
Panama dispone di 800 km di acque navigabili, 82 dei quali appartengono al Canale di Panama (dati 1996).
