Subito dopo il suo arrivo in India, Jerdon iniziò a collezionare esemplari di uccelli, che in seguito spedì a William Jardine (1800-1874) perché li identificasse. Questa collezione, però, era così infestata e danneggiata dagli insetti che Jardine si rifiutò di accoglierla, per paura che contaminasse anche le sue collezioni.
Jerdon, allora, decise di catalogare e classificare la propria collezione da solo. Il suo lavoro, A Catalogue of the Birds of the Indian Peninsula (1839-1840), venne pubblicato all'interno della rivista Madras Journal of Literature and Science. In quest'opera egli descrisse 420 specie di uccelli, circa il doppio di quelli descritti da William Henry Sykes (1790-1872).
La più famosa opera di Jerdon, tuttavia, è The Birds of India (1862-1864), nella quale vengono descritte più di 1000 specie avicole. Fu anche un valente illustratore e i suoi disegni comparvero su varie opere di storia naturale, come Illustrations of Indian Ornithology (1844), The Game Birds and Wildfowl of India (1864) e Mammals of India (1874).
Sebbene il principale oggetto di studio di Jerdon fossero gli uccelli, egli si interessò anche di vegetali, formiche, anfibi, rettili e mammiferi. Istituì la collana Fauna of British India.
