La congregazione venne fondata da Rafaela Ybarra de Vilallonga (1843-1900): di ricca famiglia, nel 1894 aprì a Bilbao un centro per dare alloggio e sostegno alle giovani giunte in città per trovare lavoro (la cosiddetta "Casa di perseveranza").[2]
Per gestire l'opera, insieme a tre compagne, l'8 dicembre 1894, diede vita alla fraternità dei Santi Angeli Custodi: presto estese il suo apostolato all'educazione e all'assistenza ai bambini, per i quali aprì il Colegio Ángeles Custodios (1899).[2]
Le suore dei Santi Angeli Custodi vennero erette in congregazione di diritto diocesano dal vescovo di Bilbao solo dopo la morte della fondatrice, l'11 marzo 1901: ottennero il pontificio decreto di lode il 21 gennaio 1929 e vennero approvate definitivamente dalla Santa Sede il 2 luglio 1940.[2]
Le suore dei Santi Angeli Custodi si dedicano all'istruzione e all'educazione cristiana della gioventù: gestiscono collegi, pensionati e residenze universitarie.
