Il locale nacque nel 1930 come bar gestito dalla Mafia, divenuto col tempo un gay bar; seppur l'omosessualità all'epoca fosse legale nello stato di New York, servire alcolici a clienti omosessuali veniva considerata una pratica illecita: per questa ragione il locale non ottenne mai una licenza per vendere alcolici, cosa che permise alle forze dell'ordine di irrompere più volte nel bar ed arrestare chi rimaneva al suo interno.[1][3][5][6][7]
In seguito alle proteste, la reputazione - già bassa - del bar, scese; i proprietari furono costretti ad iniziare a far consumare succhi di frutta al posto degli alcolici, cosa che portò al fallimento del locale nell'ottobre del 1969: al bar susseguirono i più svariati tipi di attività.[7]
Negli anni '90 metà del locale venne riadibita a gay bar, che nel 2007 si espanse anche alla metà mancante, tornando a chiamarsi Stonewall Inn.[7]