In seguito alla dichiarata chiusura ufficiale della casa di distribuzione LucasArts avvenuta nel 2013, il codice sorgente di Jedi Academy, come quello di Jedi Outcast è stato pubblicato dalla software house di produzione su SourceForge.
Jaden Korr è un nuovo studente dell'Accademia Jedi di Yavin IV. Durante l'addestramento Jaden conosce e stringe amicizia con il compagno di corso Rosh Penin e diventa l'apprendista di Kyle Katarn, il quale gli assegna diverse missioni di pace in giro per la galassia. Di ritorno da una delle missioni, Jaden e il resto degli allievi apprendono da Luke Skywalker della nuova minaccia rappresentata dai Discepoli di Ragnos, un culto Sith che intende riportare in vita il signore oscuro Marka Ragnos assorbendo l'energia dai luoghi con una forte connessione con il lato oscuro della Forza. Gli studenti sono quindi inviati sui luoghi per investigare. Durante una ricognizione, Jaden apprende che Rosh è stato catturato dai Discepoli di Ragnos e costretto a passare al lato oscuro per avere salva la vita. Nonostante le suppliche di Rosh di salvarlo, Jaden viene istigato dalla cultista twi'lek Alora a uccidere il compagno e a unirsi ai Discepoli di Ragnos, mentre Kyle Katarn tenta telepaticamente di dissuaderlo.
Se il giocatore sceglie di rimanere sul lato chiaro, Jaden risparmia Rosh e uccide Alora. Poi si dirige alla tomba di Ragnos per prevenire la leader del culto Tavion Axmis dal risvegliare il signore oscuro. Utilizzando lo scettro di Ragnos, Tavion riesce nel suo intento ma viene posseduta dallo spirito di Marka Ragnos. Jaden sconfigge il signore oscuro e risigilla il suo spirito nella tomba, distruggendo al tempo stesso lo scettro e uccidendo Tavion. Torna quindi all'Accademia Jedi, dove viene onorato da Luke, Kyle, Rosh e dal resto degli allievi come un eroe.
Se il giocatore cede al lato oscuro, Jaden giustizia Rosh ma si rifiuta di unirsi ai Discepoli di Ragnos. Uccide invece anche Alora e si dirige da Tavion lasciandosi dietro una scia di morte e distruzione. Jaden uccide Tavion e le sottrae lo scettro di Ragnos; anche Kyle che tenta all'ultimo di fermarlo viene sconfitto, e Jaden fugge su di una nave imperiale per iniziare la sua campagna di conquista.
Personaggi
Jaden Korr: protagonista Padawan e Cavaliere, creato dal giocatore (maschio/femmina di specie indefinita)
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