Il 24 marzo 1999 sono iniziati i bombardamenti aerei della NATO sulla RF Jugoslavia e ciò ha portato all'interruzione della stagione 1998-99 che così non è stata terminata. Le retrocessioni sono state bloccate.
Le squadre di etnia albanese del Kosovo abbandonano il sistema calcistico jugoslavo (mentre quelle di etnia serba rimangono).
Voivodina
Srpska Liga Voivodina 1998-1999 Srpska Liga Vojvodina 1998-1999
CLASSIFICA DOPO IL GIRONE D'ANDATA[2]Rudar Kostolac 39ZSK Valjevo 30Rađevac Krupanj 30
Mačva Šabac 30
Železničar Smederevo 29
Mačva Bogatic 29
Gučevo Banja Koviljača 27
Ribnica Mionica 26
Selevac 24
VGSK Veliko Gradište 24
Sloga Lipnički Šor 22
Borac Veliko Laole 22
Radnički Zorka Šabac 21
Morava Velika Plana 20
Jedinstvo Ub 19
MIP Požarevac 16
Mladi Radnik Radinac 13
Mladost Sm. Palanka 12
Le prime 3 vengono promosse in Druga liga SR Jugoslavije 1999-2000
Moravia
Srpska Liga Moravia 1998-1999 Srpska Liga Morava 1998-1999
CLASSIFICA DOPO IL GIRONE D'ANDATA[2]OFK Niš 36Rudar Aleksinački Rudnici 35Dubočica Leskovac 33Vučje 32
Radnički Pirot 29
Pukovac 27
Sinđelić Niš 25
Železničar Niš 25
Dinamo Vranje 25
Radnik Surdulica 24
Radan Lebane 21
Pusta Reka Bojnik 20
Zadrugar Žitorađa 18
Svrljig 18
Čelik Belo Polje[3] 18
Progres Pirot 17
Jastrebac Blace 17
Car Konstantin Niš 15
Le prime 4 vengono promosse in Druga liga SR Jugoslavije 1999-2000
Timok
Srpska Liga Timok 1998-1999 Srpska Liga Timok 1998-1999