La Casa di Baden nel suo ramo di Baden-Sausenberg (detto "di Hocheberg") succede ai Furstemberg dopo una contesa sull'eredità. Infatti Rodolfo di Hochberg e Luigi di Chalon portavano ambedue diritti sulla contea: Luigi in quanto tedesco e come cognato del conte Giovanni; Rodolfo in quanto discendente diretto (ma per via femminile) del nonno del conte Giovanni, erede testamentario e candidato scelto dai cittadini della contea. Nel 1458 Rodolfo di Hochberg succede a Giovanni di Furstemberg.
1543-1551: Francesco I, dopo la morte di Giovanna sotto la tutela del nonno materno il duca Claudio I di Guisa e poi dello zio il cardinale Carlo di Lorena
1551: Crisi di successione risolta dal Tribunale dei Tre Stati
1672-1674: Crisi di successione tra Anna Genoveffa di Borbone-Condé e Maria d'Orléans-Longueville, risolta in favore della prima dal Tribunale dei Tre Stati
1674-1679: Giovanni Luigi sotto la reggenza della madre Anna Genoveffa di Borbone-Condé
1679-1682: Giovanni Luigi sotto la reggenza della sorellastra Maria d'Orléans-Longueville
1679-1694: Giovanni Luigi sotto la reggenza del principe di Condè e del duca di Borbone
Nel 1707, il titolo di principe di Neuchâtel venne attribuito alla casata tedesca dei sovrani di Prussia. Nel 1815 il principato di Neuchâtel divenne membro pieno della Confederazione Elvetica, fu la prima monarchia ammessa nella confederazione. La situazione cambiò nel 1848 quando, dopo una rivoluzione, venne istituito un governo repubblicano.