Come ematologo e oncologo, Mukherjee è conosciuto per i suoi lavori sulla formazione del sangue e sulle interazioni tra il micro-ambiente ("nicchia") e le cellule cancerose.
Riconoscimenti
Rhodes scholarship 1993-1996
Gabrielle Angel's Leukemia Foundation Award/Grant 2010
Le regole della cura: La medicina è un racconto (The Laws of Medicine: Field Notes from an Uncertain Science), Milano, Rizzoli, 2015, ISBN978-88-17-09125-1.
Il gene. Il viaggio dell'uomo al centro della vita (The Gene: An Intimate History), Collana Saggi stranieri, Milano, Mondadori, 2016, ISBN978-88-046-6976-0.