L'attuale territorio comunale fu abitato già circa 5000 anni fa. La fondazione di Seekirchen risale tuttavia all'anno 696; nel 1424 ottenne i diritti di mercato e il 24 settembre 2000 ottenne lo status di città.
Geografia antropica
Suddivisioni amministrative
Il territorio comunale è ripartito in sei comuni catastali (Marschalln, Mödlham, Seekirchen Land, Seekirchen Markt, Seewalchen e Waldprechting) e conta 20 località (tra parentesi la popolazione al 1º gennaio 2015): Bayerham (151), Brunn (969), Fischtaging (247), Halberstätten (205), Huttich (273), Kothgumprechting (143), Kraiham (130), Mayerlehen (268), Mödlham (434), Ried (211), Schmieding (108), Schmiedkeller (127), Schöngumprechting (258), Seekirchen am Wallersee (3 245), Seewalchen (1 030), Waldprechting (1 417), Wies (181), Wimm (229), Wimmsiedlung (525) e Zaisberg (111).
A livello ferroviario, conta due stazioni (Seekirchen e la fermata Seekirchen Süd) sull'importante arteria internazionale Westbahn (Monaco di Baviera-Salisburgo-Linz-Vienna), che collega la Germania meridionale con Budapest, Bratislava e altre città. Tale tracciato è connesso alla linea S2 (Salisburgo-Straßwalchen) della S-Bahn di Salisburgo.
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