Sean Stone è figlio del regista Oliver Stone[1] e Elizabeth Burkit Cox; i suoi genitori divorziarono quando aveva 8 anni. Compare nel cinema già da piccolissimo, nel ruolo del figlio di Richard Boyle (interpretato da James Woods) nel film Salvador diretto da suo padre.
Nel 2012, durante un viaggio a Isfahan, in Iran, Sean Stone si converte all'islamismosciita, acquisendo il nome Ali. In seguito a questa decisione, Stone ha dichiarato: «Non parlerei di conversione, quanto piuttosto di un'accettazione del messaggio, dell'insegnamento e della saggezza del Profeta Mohammad»[2].