I San Jose Earthquakes militarono nella North American Soccer League dal 1974 al 1984 e nelle cui ultime due stagioni militò con il nome di "Golden Bay Earthquakes". Primo marcatore della storia dei Quakes è stato Mani Hernandez, che ha segnato nell'1-1 esterno del 5 maggio, esordio assoluto dei californiani, contro i Vancouver Whitecaps.[1]
La squadra fu attiva anche nel campionato indoor della NASL per tre stagioni e, nel 1982/1983, anno in cui il torneo al chiuso non si tenne per problemi economici, disputò il torneo della Major Indoor Soccer League I. Dal 1985 al 1988 partecipò alla Western Soccer Alliance.
Parteciparono alla Major League Soccer dal 1995 al 2005, vincendo la MLS Cup nel 2001 e nel 2003 e il MLS Supporters' Shield nel 2005. Giocavano le partite interne nello Spartan Stadium, situato nel South Campus della San José State University, dove la squadra di casa (nota come i San Jose Clash dal 1995 al 1999) sconfisse il D.C. United per 1-0 nella prima partita della storia della MLS. Nel corso della stagione 2005 della MLS, nel dicembre di quell'anno, la franchigia fu messa in vendita e lo staff tecnico si trasferì a Houston (Texas), dove gioca la Houston Dynamo, erede diretta del club.
Il 18 luglio 2007 il Commissioner della Major League SoccerDon Garber ha annunciato che dal 2008 i San Jose Earthquakes sarebbero stati riammessi alla MLS, divenendo la 14ª squadra della lega.
2001 - 2° in Western Division e vincitrice della MLS Cup della MLS 2001.
2002 - 2° in Western Conference ed eliminato ai quarti di finale della MLS 2002. Eliminato ai quarti di finale della CONCACAF Champions' Cup 2002.
2003 - 1° in Western Conference e vincitrice della MLS Cup della MLS 2003.
2004 - 4° in Western Conference ed eliminato in semifinale di Conference della MLS 2002. Eliminato ai quarti di finale della CONCACAF Champions' Cup 2004.
2005 - 1° in Western Conference, vincitrice della MLS Supporters' Shield ed eliminato in semifinale di Conference della MLS 2005.
La prima formazione del San Jose Earthquakes aveva come colori il bianco e l'amaranto. La successiva reincarnazione del club, denominato San Jose Clash, che aveva come simbolo uno scorpione, indossava una maglia giallo e bianca con gli inserti verdi. Quando il club riassunse il nome originario, cambiò i colori sociali in nero e azzurro.
Mascotte
La franchigia ha avuto come mascotte dal 1996 al 1999 "José Clash", che venne sostituito dal 2000 al 2002 da "Rikter the CyberDog". Nel biennio 2004-2005 la mascotte fu "Q", che fu ripresa definitivamente dopo la rifondazione del club nel 2008.
Strutture
Stadio
Lo stadio di casa dei San Jose Earthquakes fu per decenni lo Spartan Stadium, impianto nato nel 1933 per il football americano. Originariamente prevedeva 4.000 posti, tuttavia, nel corso delle ristrutturazioni seguenti, è arrivato a contenerne più di 30.000. Tuttora attivo, ha ospitato anche gli incontri di calcio femminile delle San Jose CyberRays dal 2001 al 2003, oltre ovviamente alla squadra di football della San José State University, la quale è anche proprietaria dell'impianto.
Dal 2015 la società si è dotata di un proprio impianto, l'Earthquakes Stadium, noto con diversi nomi (Avaya Stadium, PayPal Park) a seconda della cessione dei diritti di denominazione ad aziende terze.
Una delle principali rivalità riguarda quella con il LA Galaxy: simbolo del divario tra Nord e Sud della California, è stata definita come la più storica ed intensa rivalità nella lega.[3][4]
L'apice di questo scontro sportivo si raggiunse nei prima anni duemila; tra il 2001 ed il 2005, le due compagini californiane vinsero complessivamente quattro campionati (due a testa) e si contesero la vittoria nella finale dell'edizione 2001, che vide la vittoria di San Jose per la prima volta.[5]
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