Ha debuttato per la nuova squadra a giugno 1994. Successivamente a tre campionati vinti di fila tra il 1996 e il 1998, il Brøndby si è qualificato per la Champions League 1998-1999. Sempre con il Brøndby, si è aggiudicato una Coppa di Danimarca e, a marzo 1999, è stato nominato capitano della squadra, ereditando la fascia da John Jensen.
Nell'inverno2000, è passato al Bochum, in Fußball-Bundesliga. Ha debuttato a gennaio 2001 e ha giocato nelle ultime sedici partite del campionato, retrocedendo in 2. Fußball-Bundesliga a fine stagione. Dopo aver conquistato la promozione nell'anno successivo, nel campionato 2003-2004 il Bochum ha ottenuto un onorevole quinto posto in classifica. È poi retrocesso nuovamente e, nel 2006, Colding si è ritirato.