L'area di maggior interesse nello studio del ripiegamento molecolare riguarda il processo di ripiegamento delle proteine, attraverso il quale una specifica sequenza di amminoacidi si converte nella struttura secondaria e terziaria di una proteina, definendone così la sua forma tridimensionale. L'analisi della conformazione ripiegata della proteina può consentire la comprensione delle sue funzioni e la progettazione di farmaci in grado di influenzare il processo biologico in cui è coinvolta.
C'è anche un alto interesse nella costruzione di proteine ripiegate artificiali o foldameri[2]. Essi sono studiati come modelli di molecole biologiche e come applicazioni potenziali allo sviluppo di nuovi materiali funzionali.