Nel gennaio 2006, allo scadere del quadriennio di nomina, gli succede mons. Livio Melina nell'incarico di preside del Pontificio istituto "Giovanni Paolo II".
Il 16 gennaio 2013 diviene anche presidente del Consiglio internazionale per la catechesi, poiché con il motu proprio Fides per doctrinam la competenza sulla catechesi, fino ad allora svolta dalla Congregazione per il clero, è passata al Pontificio consiglio per la promozione della nuova evangelizzazione.[8]
Il 5 giugno 2022, con l'entrata in vigore della costituzione apostolicaPraedicate evangelium, il Pontificio consiglio per la promozione della nuova evangelizzazione, di cui era presidente, confluisce nel Dicastero per l'evangelizzazione; contestualmente diventa pro-prefetto della sezione per le questioni fondamentali dell'evangelizzazione nel mondo.
Il 28 ottobre 2024 presenta Luce, mascotte del Giubileo del 2025, dicendo che è stata ispirata dal desidero della Chiesa cattolica di "vivere all'interno della cultura pop, tanto amata dai nostri giovani".[9]
Fisichella è stato duramente criticato per le sue posizioni giustificazioniste nei riguardi dell'atteggiamento di Silvio Berlusconi verso il culto cattolico: in primo luogo nella concessione della comunione, per quanto divorziato. Secondo Fisichella:
«Il presidente Berlusconi essendosi separato dalla seconda moglie, la signora Veronica, con la quale era sposato civilmente, è tornato ad una situazione, diciamo così, ex ante. Il primo matrimonio era un matrimonio religioso. È il secondo matrimonio, da un punto di vista canonico, che creava problemi. È solo al fedele separato e risposato che è vietato comunicarsi, poiché sussiste uno stato di permanenza nel peccato. A meno che, ovviamente, il primo matrimonio non venga annullato dalla Sacra Rota. Ma se l'ostacolo viene rimosso, nulla osta.[10]»
Fisichella applica così al caso di Berlusconi, la normativa del Codice di Diritto Canonico sulla "separazione con permanenza del vincolo":[11] nel caso in cui un coniuge, tradito dall'altro, non riesca a perdonargli l'adulterio, questi ha "il diritto di sciogliere la convivenza coniugale" (Catechismo, 1151). Ciò non include la possibilità di considerare sciolto il vincolo matrimoniale né di risposarsi. Inoltre, "cessata la causa della separazione, si deve ricostituire la convivenza coniugale" (1153). Nel caso di Berlusconi, la Chiesa "non riconosce come valida una nuova unione [con Veronica Lario], se era valido il primo matrimonio [con Carla Elvira Lucia Dall'Oglio]" (1650). Il divorzio con la Dall'Oglio non ha reso tale prima unione invalida, e non vi è segno della "ricostituzione della convivenza coniugale" tra i due.
In secondo luogo, Fisichella è stato criticato per la minimizzazione delle polemiche seguite alla diffusione di un video in cui il premier pronuncia una bestemmia, definita "insopportabile" da Avvenire e "deplorevole" da L'Osservatore Romano.[12] Fisichella ha affermato che «in Italia dobbiamo essere capaci di non creare delle burrasche ogni giorno per strumentalizzare situazioni politiche che hanno già un loro valore piuttosto delicato».[13][14] Le sue parole sono state molto criticate da diversi attori cattolici e laici: per Rosy Bindi si tratta di "relativismo" "contraddittorio e profondamente diseducativo".[13]
Pubblicazioni principali
Monografie, saggi, curatele
La rivelazione: evento e credibilità. Saggio di teologia fondamentale, Bologna, EDB, 1985 (di complessive pp. 640).
Il 7 dicembre 2022 riceve la XX edizione del Premio Internazionale Bonifacio VIII "per una cultura della Pace", conferitogli dall'Accademia Bonifaciana di Anagni, su proposta del rettore presidente Sante De Angelis e del presidente del Comitato scientifico mons. Enrico dal Covolo.
