Il professore e Luke vengono invitati a Saint-Mystère da Lady Dahlia, vedova del defunto barone Reinhold, per risolvere il mistero della Mela d'oro. Il barone, nel suo testamento, aveva dichiarato che chi avesse risolto questo mistero avrebbe ereditato tutta la sua fortuna, ma nessuno nel villaggio ha idea di cosa sia la Mela d'oro. Luke e Layton dovranno indagare alla ricerca di indizi, risolvendo più di 100 enigmi.
La coppia è impegnata nel tentativo di risolvere il mistero dello scrigno degli Elisi (chiamato anche scrigno di Pandora). Dopo l'infortunio del "mentore" del professore per mezzo dello scrigno, i due partono alla ricerca del misterioso oggetto, con, come unico indizio, un biglietto per un treno, senza alcuna apparente destinazione.
Luke e Layton si trovano nella città di Londra per la presentazione di un macchinario che si dice sia in grado di far viaggiare nel tempo. Durante la dimostrazione, un guasto distrugge il marchingegno portando alla scomparsa del primo ministro Bill Hawks e il dr. Stahngun, creatore di questa invenzione. Il professor Layton e Luke decidono così di seguire le indicazioni scritte in una lettera mandata loro da un misterioso individuo che dice di essere Luke tra 10 anni, intraprendendo così un viaggio che porterà la coppia in un mistero colmo di enigmi e problemi.
Le vicende si svolgono a Misthallery, una strana città protetta da uno spettro che emerge dalla nebbia quando un misterioso flauto inizia a suonare. Le vicende si svolgono tre anni prima de Il paese dei misteri, infatti l'episodio parla di come Layton e Luke si sono conosciuti e di come quest'ultimo sia diventato il suo apprendista. La coppia dovrà risolvere il mistero di questo misterioso spettro, che inquieta la città di Misthallery.
Annunciato il 25 novembre 2009 in Giappone, è il quinto gioco della serie del professor Layton, dove le vicende si svolgono subito dopo quelle de L'eterna Diva. Layton, Luke e Emmy si recano, dopo aver ricevuto una lettera da Angela Ledore, vecchia amica di Layton, a Montedore, per risolvere il mistero del Gentiluomo mascherato, che crea scompiglio in città, attraverso l'uso di una maschera miracolosa. Montedore è stata creata dai poteri della maschera, perciò i tre decidono di indagare su quest'ultima.
Il gioco, ambientato dopo gli eventi de La maschera dei miracoli, parla di una misteriosa mummia vivente in una cittadina montana e coperta costantemente di neve di nome Frøstborg. Il professore andrà là trovando una ragazza intrappolata nel ghiaccio, scoprendo che appartiene a un'antica civiltà: gli Aslant. Il professore dovrà intraprendere un viaggio intorno al mondo per risolvere questo mistero.
Il gioco è un crossover che combina i personaggi della serie del professor Layton con quelli di Ace Attorney. I due investigatori stanno indagando sul caso di una città, Labirintia, abitata da alcune streghe.
Il gioco è un sequel de Il futuro perduto, ambientato molti anni dopo gli eventi di quest'ultimo. Protagonista di questo gioco non è più il professore, bensì sua figlia Katrielle. A quanto pare il professore è scomparso nel nulla e nessuno sa dove possa trovarsi. Katrielle così si mette alla ricerca del padre e nel frattempo apre un'agenzia di investigazione. Accompagnata dal suo assistente Ben Greegy e dal cane parlante Sherl O. C. Kholmes, dovrà risolvere 12 casi, anche per dare fama alla sua agenzia.
